VASP 计算电荷密度差

Northword2020年11月28日
  • VASP
大约 6 分钟

VASP 计算电荷密度差

文献中常用的差分电荷密度图为二次差分电荷密度图 (difference charge density),区别于差分电荷密度图 (deformation charge density)。 差分电荷定义为成键后的电荷密度与对应的点的原子电荷密度之差。通过差分电荷密度的计算和分析,可以清楚地得到在成键和成键电子耦合过程中的电荷移动以及成键极化方向等性质。 “二次”是指同一个体系化学成分或者几何构型改变之后电荷的重新分布。 Deformation charge density 的公式定义为 (1),Difference charge density 的公式定义为 (2)。Difference charge density 是文献中最常用的方法。

$$

\Delta \rho = \rho_{AB_{SC}}-\rho_{AB_{atom}} \qquad (1)\

\Delta \rho = \rho_{AB}-\rho_A-\rho_B \qquad (2)\

\Delta \rho = \rho_{ABC}-\rho_{A}-\rho_{B}-\rho_{C} \qquad (3)

$$

以计算 $O_2$电荷密度差为例,记录如何获得 O2 的 Difference charge density。

流程

以 A-B 型为例

  • 对 AB 进行结构优化
  • 分别对 AB、A、B 分别静电自洽 (不能结构优化)
    • FFT mesh 需要一致
    • LCHARG 需要打开
  • 求差(chgsun.pl CHGCAR_A CHGCAR_B;chgdiff.pl CHGCAR_AB CHGCAR_sum)

电荷密度差分操作本可以在之前 O2 结构优化、自洽、非自洽 自洽之后进行,但是之前的自洽没有规定 FFT mesh,而电荷密度差分要求了,所以干脆从头算好了。

目录结构

详情
[zjb@op O2_chg_diff]$ tree
.
├── O2             # 在此目录对O2分子进行结构优化,然后静电自洽
│   ├── CHG
│   ├── CHGCAR
│   ├── CONTCAR
│   ├── INCAR
│   ├── KPOINTS
│   ├── OSZICAR
│   ├── OUTCAR
│   ├── POSCAR
│   ├── POTCAR
│   ├── stdout
│   └── vasp.pbs
├── A              # 对其中一个O进行静电自洽
│   ├── CHG
│   ├── CHGCAR
│   ├── CONTCAR
│   ├── INCAR
│   ├── KPOINTS
│   ├── OSZICAR
│   ├── OUTCAR
│   ├── out.log
│   ├── POSCAR
│   ├── POTCAR
│   ├── stdout
│   └── vasp.pbs
├── B              # 对另一个O进行静电自洽
│   ├── CHG
│   ├── CHGCAR
│   ├── CONTCAR
│   ├── INCAR
│   ├── KPOINTS
│   ├── OSZICAR
│   ├── OUTCAR
│   ├── POSCAR
│   ├── POTCAR
│   ├── REPORT
│   ├── stdout
│   └── vasp.pbs
├── CHGCAR_diff   # 差分电荷密度
└── CHGCAR_sum    # 两个单独O加在一起的电荷密度

3 directories, 62 files

步骤

Step1:对 AB 进行结构优化 geo

O2 目录中对 O2 进行结构优化

:::: tabs

::: tab POSCAR

[zjb@op O2]$ cat POSCAR:
O2
1
10 0 0
0 10 0
0 0 12
O
2
S
D
0.5 0.5 0.5   F F F
0.5 0.5 0.62  F F T

:::

::: tab INCAR

[zjb@op O2]$ cat INCAR:
Global Parameters
 ISTART =  1            (Read existing wavefunction; if there)
 ISPIN =  2           (Spin polarised DFT)
 ICHARG =  2         (Non-self-consistent: GGA/LDA band structures)
 LREAL  = .FALSE.          (Projection operators: automatic)
 ENCUT  =  400        (Cut-off energy for plane wave basis set, in eV)
 PREC   =  Normal       (Precision level)
 LWAVE  = .TRUE.        (Write WAVECAR or not)
 LCHARG = .TRUE.        (Write CHGCAR or not)
 ADDGRID= .TRUE.        (Increase grid; helps GGA convergence)
 NGXF    = 150         (FFT grid mesh density for nice charge/potential plots)
 NGYF    = 150         (FFT grid mesh density for nice charge/potential plots)
 NGZF    = 180         (FFT grid mesh density for nice charge/potential plots)

Electronic Relaxation
ISMEAR =  0            (Gaussian smearing; metals:1)
SIGMA  =  0.05         (Smearing value in eV; metals:0.2)
NELM   =  60           (Max electronic SCF steps)
NELMIN =  4            (Min electronic SCF steps)
EDIFF  =  1E-06        (SCF energy convergence; in eV)

Ionic Relaxation
NSW    =  20          (Max electronic SCF steps)
IBRION =  2            (Algorithm: 0-MD; 1-Quasi-New; 2-CG)
ISIF   =  2            (Stress/relaxation: 2-Ions, 3-Shape/Ions/V, 4-Shape/Ions)
EDIFFG = -2E-02        (Ionic convergence; eV/AA)

:::

::: tab CONTCAR

[zjb@op O2]$ cat CONTCAR
O2                                      
   1.00000000000000     
    10.0000000000000000    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000   10.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000   12.0000000000000000
   O 
     2
Selective dynamics
Direct
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.5000000000000000   F   F   F
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.6028640220057100   F   F   T
 
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00

:::

::::

结构优化完成之后将 CONTCAR 作为新的 POSCAR 进行后续运算。

 [zjb@op O2]$ cp COUTCAR POSCAR

Step2:静电自洽

提示

三次静电自洽需要注意:

  • FFT mesh 需要一致
  • LCHARG 需要打开

对 A-B 进行静电自洽 scf

将上一步的 INCAR 修改,使其满足静电自洽的运行:

NSW = 0
IBRION = -1

提交作业进行静电自洽。

对 A、B 分别静电自洽

将 A-B 静电自洽用的 INCAR、POSCAR、POTCAR、KPOINTS 复制出来,分别放在 A 和 B 目录中。

[zjb@op O2]$ cp INCAR POSCAR POTCAR KPOINTS ../A/
[zjb@op O2]$ cp INCAR POSCAR POTCAR KPOINTS ../B/

在 A 目录的 POSCAR 中删除 B 部分对应的点,元素数量改一下,得到 A 部分的 POSCAR,提交作业静电自洽。

在 B 目录的 POSCAR 中删除 A 部分对应的点,元素数量改一下,得到 B 部分的 POSCAR,提交作业静电自洽。

[zjb@op O2_chg_diff]$ cat A/POSCAR 
O2                                      
   1.00000000000000     
    10.0000000000000000    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000   10.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000   12.0000000000000000
   O 
     1
Selective dynamics
Direct
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.5000000000000000   F   F   F
 
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00

[zjb@op O2_chg_diff]$ cat B/POSCAR 
O2                                      
   1.00000000000000     
    10.0000000000000000    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000   10.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000   12.0000000000000000
   O 
     1
Selective dynamics
Direct
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.6028640220057100   F   F   T
 
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00








 


 













 


 


Step3:求差

求差也可以使用 VASPKIT 提供的功能。

在主菜单选择 31) Charge & Spin Density,之后进入 314) Charge-Density Difference,在下一个界面提示输入 O2/CHGCAR A/CHGCAR B/CHGCAR

======================= File Options ============================
 Input the Names of Charge/Potential Files with Space: 
 (e.g., to get AB-A-B, type: ~/AB/CHGCAR ./A/CHGCAR ../B/CHGCAR)
 
 ------------>>
O2/CHGCAR A/CHGCAR B/CHGCAR
 
  -->> (01) Reading Structural Parameters from O2/CHGCAR File...
  -->> (02) Reading Charge Density From O2/CHGCAR File...
  -->> (03) Reading Structural Parameters from A/CHGCAR File...
  -->> (04) Reading Charge Density From A/CHGCAR File...
  -->> (05) Reading Structural Parameters from B/CHGCAR File...
  -->> (06) Reading Charge Density From B/CHGCAR File...
  -->> (07) Written CHGDIFF.vasp File!
 +---------------------------------------------------------------+
 |                       * ACKNOWLEDGMENTS *                     |
 | Other Contributors: Xue-Fei LIU, Peng-Fei LIU, Dao-Xiong WU,  |
 | Zhao-Fu ZHANG, Tian WANG, Ya-Chao LIU, Qiang LI, iGo and You! |
 +---------------------------------------------------------------+
 |                          * CITATIONS *                        |
 | We Would Appreciate if You Cite in Your Research with VASPKIT

.|
 | [1] V. Wang, N. Xu, J.C. LIU, G. Tang, et al, VASPKIT: A Pre- |
 | and Post-Processing Program for VASP Code, arXiv:1908.08269.  |

 +---------------------------------------------------------------+
[zjb@op O2_chg_diff]$ ls
A  B  CHGCAR_diff  CHGCAR_sum  CHGDIFF.vasp  O2

输出一个 CHGDIFF.vasp,即为所求,下载,VESTA 打开:

CHGDIFF.vasp

其他

求差的其他方法

chgsum.pl

#Usage
$ chgsum.pl <CHGCAR_A> <CHGCAR_B>  # output: CHGCAR_sum

# This example
 [zjb@op O2_chg_diff]$ chgsum.pl A/CHGCAR B/CHGCAR

作用为:

$

\rho_{(CHGCAR_sum)} = \rho_{A} + \rho_B

$

运行后在 O2_chg_diff/ 下生成了一个 CHGCAR_sum 文件。

chgdiff.pl

# Usage
chgdiff.pl <CHGCAR_sum> <CHGCAR_AB>  # output: CHGCAR_diff

# This example
 [zjb@op O2_chg_diff]$ chgdiff.pl O2/CHGCAR CHGCAR_sum

注意是后面的减前面的:

$

\rho_{(CHGCAR_diff)} = \rho_{CHGCAR_AB} - \rho_{CHGCAR_sum}

$

执行后在 O2_chg_diff/ 下生成了一个 CHGCAR_diff 文件,即为电荷密度差,因为

$

\begin{aligned}

\Delta \rho &= \rho_{AB} - \rho_A - \rho_B \

&= \rho_{AB} - (\rho_A + \rho_B) \

&=\rho_{AB} - \rho_{CHGCAR_sum}

\end{aligned}

$

显示

下载 CHGCAR_diff,使用 VESTA 显示:

O2_chg_diff_VESTA

为什么 chgdiff.pl 是后减前?

读取源码:

#!/usr/bin/env perl
#;-*- Perl -*-

@args = @ARGV;
@args == 2 || die "usage: chgdiff.pl <reference CHGCAR> <CHGCAR2>\n";

open (IN1,$args[0]) || die ("Can't open file $!");
open (IN2,$args[1]) || die ("Can't open file $!");
open (OUT,">CHGCAR_diff");

for ($i=0; $i<5; $i++) {
    $line1 = <IN1>;
    $line2 = <IN2>;
    $header1 .= $line1;
}

...

for ($i=0; $i<$psum1/5; $i++) {
    $line1 = <IN1>;
    $line1 =~ s/^\s+//;
    $line2 = <IN2>;
    $line2 =~ s/^\s+//;
    @line1 = split(/\s+/,$line1);
    @line2 = split(/\s+/,$line2);
    for ($j=0; $j<@line1; $j++) {
        $line1[$j] = $line2[$j]-$line1[$j];
    }
#    printf OUT " %18.11E %18.11E %18.11E %18.11E %18.11E\n",$line1[0],$line1[1],$line1[2],$line1[3],$line1[4];
    printf OUT " %18.11E" x @line1 . "\n", @line1;
}

...

第 5 行:用法:chgdiff.pl <CHGCAR_1> <CHGCAR_2>.

第 7-15 行:第一个参数 CHGCAR_1 里的每一行记为 line1,第二个参数 CHGCAR_2 里的每一行记为 line2.

第 27 行,line2-line1,即 CHGCAR_2 - CHGCAR_1,即为后减前。

chgdiff.pl 后少了原子

由源码得,chgdiff.pl 保留的是 file1 的原子信息,所以如果 file1 只有部分原子就会缺。

这个脚本我感觉是 bug,建议把上面第 27 行 line2-line1 改成 line1-line2 一劳永逸。