Materials Studio

Northword2020年11月30日
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Materials Studio

懒得写了的

建模

问题 17: 如何快速、准确地选取某一类原子或者原子团,以及它们的组合体?

答: MS 的计算结束后,下一步是进行结果分析,常见如:结合(作用)能量计算、浓度(浓度)分布(Concentration Profile)、均方位移(Mean Square Displacement,MSD)、径向分布函数(Radial Distribution Function,RDF)、回转半径(Radius of Gyration)等等。即便是常见的结合能计算:E_interaction = E_total - (E_surface + E_adsorbate)也是需要分别选取不同原子(团)作为分析目标。所以,结果分析的第一步,是要准确无误地选取分析目标。

当所建模型包含的原子数目较少时,通过肉眼观察、鼠标点击或框选的方式,就能完成分析目标的选取。

但是,当所建模型原子数达几千几万时(对于 MD 计算而言,这样的原子数目是很常见的),再采用肉眼观察来选取的方式,不仅低效,而且很容易多选、错选、漏选,最终导致分析结果错误。

在 MS 中,有以下更快速的原子(团)选取方法:

  1. 鼠标左键单击选中某个 A 原子后,按住 Ctrl 键不放,再左键单击某个 B 原子,此时会同时选中上述两个原子;
  2. 按住 Alt 键不放,鼠标左键双击(注意是双击)某个 A 原子,此时会选中模型中全部的 A 原子;
  3. MS 界面顶部 Edit→Atom Selection 中,可通过以元素种类、化学键数目、电荷数目、力场类型等等,选取模型中全部满足要求的原子,此时结合“Selection mode”中的选项,可进一步添加需要的或筛除不需要的原子;
  4. 以某个原子团为 pattern,通过“Find Patterns”可选择模型中全部的该原子团。举个例子:要选取模型中全部的水分子,首先新建一个 xsd 文档,绘制出一个水分子,命名为 water.xsd,并将此文件保持打开状态,然后将模型置于当前,在 MS 界面顶部 Edit→Find Patterns,将其中的 Pattern document 下拉选择为 water.xsd(如果找不到 water.xsd,是因为 water.xsd 被关闭了,重新打开即可找到),点“Find”即可找到模型中全部的水分子;
  5. 对于用 Layer 命令堆叠得到模型,在 MS 界面顶部 Edit→Edit Sets,可选取任一原始的 layer,这对于用 Layer 命令堆叠得到模型的结合能计算非常有用;
  6. 将上述(1)~(5)进行组合,可实现绝大多数情况的分析目标的选取。

写给 MS 新手:Materials Studio 软件常见问题与解决方案(2018 年 06 月 10 日更新) - 分子模拟 - 小木虫 - 学术 科研 互动社区 (muchong.com)open in new window

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