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为 linux 非 ROOT 用户安装 lrzsz

为 linux 非 ROOT 用户安装 lrzsz

lrzsz 是一款在 linux 里可代替 FTP 上传和下载的程序。可以实现在 linux 中支持直接拖拽上传;同时也支持 rzsz 命令进行上传和下载。

如果拥有 ROOT 权限,可以直接执行下述代码安装:

yum -y install lrzsz

Northword小于 1 分钟Install
编译 VASP with VTST

编译 VASP with VTST

准备源码

VASP 源码目录结构

$ more README
           vasp.X.X.X (root directory)
                      |
   ---------------------------------------
  |              |          |             |
 arch           bin       build          src
                                          |
                                     ----------
                                    |          |
                                   lib       CUDA

Northword大约 3 分钟Install安装
Windows 平台的部分软件安装

Windows 平台的部分软件安装

由于安装过于简单,故只对部分关键步骤做说明。

Materials Studio 激活

安装结束后,不要运行软件!把安装包旁的的 msi2019.lic 复制到 C: \Program Files (x86)\BIOVIA\LicensePack\Licenses

image-20210913190855840

然后启动授权管理器:

image-20210913190616258

Northword小于 1 分钟Install
linux 编译 gnuplot

使用默认 GCC 编译 gnuplot

无需,学校已安装。

cd /tmp
wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/gnuplot/gnuplot/5.2.5/gnuplot-5.2.5.tar.gz
tar xzvf gnuplot-5.2.5.tar.gz 
cd gnuplot-5.2.5/
./configure --prefix=/public/home/zjb/app/gunplot/
make & make install

Northword小于 1 分钟Install
Linux 下无 Root 权限编译软件

Linux 下无 Root 权限编译软件

参考:linux 非 root 用户安装软件入门 | tlanyan.me .

下为上文的备份。


下面是 Linux 下非 root 用户安装软件的一般流程:

  1. 获取源代码;常用 wget/curl 下载,也可以用类似 apt-get source 的方式获取仓库中软件源代码;
  2. 解压源代码安装包;例如对于 gzip 格式的 tar 包:tar -zxvf xxx.tar.gz
  3. 切换到解压后的目录,运行 ./configure;./configure --help 可以列出配置项,非 root 用户最重要的配置项是安装目录 prefix,例如 ./configure --prefix=/path/to/bin。在无法自动找到依赖库位置的情况下,用 --with-xx-dir=xxx 的形式配置依赖库位置;
  4. 编译源代码并复制可执行文件到指定的安装目录:make && make install。这两条命令可以分开执行,make 时指定 -j 参数并行编译,能显著减少编译耗时(单进程编译 GCC 需要几个小时,开启并行编译后可缩短到十几分钟);
  5. 使用 export PATH=/path/to/bin:$PATH 更新 PATH 变量。命令行窗口运行此命令只对本次会话中有效,可将其写到.bashrc 或者.bash_profile 中;
  6. 如果安装的是动态链接库,则需要更新动态链接库路径:export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/library:$LD_LIBRARY_PATH。最好将此命令写在.bashrc 文件中,用户下次打开会话时自动执行。

Northword大约 6 分钟Installlinux
linux 编译 py3

为学校的 linux 安装 python3

由于 ASE 依赖 Python3.5 或更高版本,而学习的机器上只有 python2,所以要装一下 py3。

步骤放在最前面

升级 OPENSSL

cd /tmp
wget -c https://www.openssl.org/source/openssl-1.1.1d.tar.gz
tar -xvf openssl-1.1.1d.tar.gz
cd openssl-1.1.1d
./config --prefix=/public/home/zjb/openssl-1.1.1d no-zlib  #注意添加no-zlib
make && make install

Northword大约 4 分钟Install
安装 ASE

安装 ASE

总结:根据 python 版本选择 ase 版本。python3 及以上最新即可。python2 选 3.17.0 及以下。学校集群由于其他依赖包版本低,需要装 3.9.1。

Requirements

最新版本的 ase 需要的环境条件 [1]


Northword大约 3 分钟Install